Schapendoes on ns. perusterve rotu. Rodussa on tunnistettu joitakin "omia" perinnöllisiä sairauksia (gPRA, katarakta ja hyperurikosuria). Terveysasioista keskustellaan harrastajien kesken avoimesti ja rodun terveyden eteen työskennellään aktiivisesti. Rotu ei kuulu PEVISAan, mutta rotuyhdistyksen jalostusohjeet ohjaavat kasvattajien jalostusvalintoja. Alla on kuvattuna oleellisimmat terveysasiat. Harvinaisemmat terveyskyselyissä ym. esille tulleet kannattaa lukea rodun
jalostuksen tavoiteohjelmasta.
RAKENNE
Schapendoes on rakenteeltaan tilastollisesti mukavan terve verrattuna todella moneen muuhun rotuun. Jalostuksen kautta ei ole muodostunut mitään liioiteltuja piirteitä, jotka voisivat aiheuttaa terveyshaittoja. Lonkkia, kyynäriä ja polvia kuvataan ja tutkitaan aktiivisesti, sekä viime aikoina myös selkien kuvaaminen on tullut mukaan tutkimusrutiiniin. Selkäongelmia aiheuttavaa spondyloosia ja välimuotoista lanne-ristinikamaa on esiintynyt muutamalla schapendoesilla, mutta tutkimustuloksia on vasta muutamalta vuodelta alle 100 koiralta, niin ei schapeilla juurikaan esiinny, mutta esim. välimuotoinen lanne-ristinikama on toisaalta melko yleinen kaikilla roduilla. Kasvatettaessa nimenomaan harrastuskoiria mm. agilityyn on hyvä tutkia selkääkin.
Lonkkaniveldysplasia
Vuosien 2007-2017 aikana on kuvattu 361 koiran lonkat ja vain 29 on tuloksella C ja 2 tuloksella D. Näin ollen 91 %:lla koirista oli A- tai B-lonkat eli normaalit tai lähes normaalit/rajatapaus.
Kyynärniveldysplasia
Vuosien 2007-2017 aikana on kuvattu 352 koiran kyynärät ja vain 4 koiraa on saanut tulokseksi 2 ja 5 koiraa tuloksen 3. Normaalit kyynärät oli 324 koiralla (92 %) ja lieviä muutoksia oli 19 koiralla (5 %).
Polvien patellaluksaatio
Vuosien 2007-2017 aikana on tutkittu 113 koiran polvet ja näistä 110 on saanut tuloksen 0, eli polvet eivät luksoidu, eli mene sijoiltaan.
Spondyloosi (selkärangan rappeumasairaus)
Aiemmissa rodun terveyskyselyissä on tullut esille muutamia spondyloositapauksia, mutta virallisissa selkäkuvauksissa niitä ei vielä ole esiintynyt. Spondyloosin osalta kuvauksia on tehty vielä hyvin vähän.
Välimuotoinen lanne-ristinikama
Välimuotoiset lanne-ristinikamat ovat melko yleisiä kaikilla roduilla ja ne voivat aiheuttaa selkävaivoja. Schapendoesien osalta ei ole juurikaan tietoa LTV:sta selkävaivojen aiheuttajana. Viimeisen 3 vuoden ajalta on 66 kuvaustulosta, joista 11 on LTV1-tuloksia ja 2 LTV4-tuloksia.
SILMÄT
PRA eli etenevä verkkokalvon surkastuma
Schapendoeseilla on tunnistettu PRAn yleistynyt muoto eli gPRA, joka johtaa koiran sokeutumiseen eikä hoitoa ole. Tähän gPRA-muotoon on kuitenkin ollut jo pitkään saatavilla geenitesti, joten sairaudelle alttiita koiria ei teoriassa pitäisi syntyä, kun kaikki jalostuskoirat testataan. Sairauden periytymismalli on autosomaalinen resessiivinen.
Perinnöllinen katarakta eli harmaakaihi
Perinnöllisestä kataraktasta on koiraroduilla useampia eri muotoja eikä kaikkien periytymismallia tunneta. Muodosta riippuen katarakta voi johtaa osittaiseen tai täydelliseen sokeuteen. Geenitestiä ei ole saatavilla, joten perinnöllisen kataraktan välttämiseksi voidaan tehdä vain mm. mahdollisimman runsaasti silmätutkimuksia, sulkea sairaat koirat pois jalostuksessa sekä välttää mahdollisia kantaja-kantaja parituksia. Vuodesta 2014 alkaen koiran kannalta merkityksettömät kaihimuodot on kirjattu jalostustietojärjestelmään "muuna vähämerkityksellisenä kaihina", joka ei sulje koiraa pois jalostuksesta. Tämä ei kuitenkaan sulje pois sitä mahdollisuutta, että samalle koiralle kehittyisi vielä myöhemmin sokeuttava kaihimuoto. Schapendoeseilla esiintyy kataraktaa eri muodoissa. Vuosien 2007-2017 aikana noin 40 koiralla on silmätutkimuksessa merkintä kataraktasta tai kataraktaepäilystä. Samaan aikaan noin 380 koiraa on todettu terveiksi.
HYPERURIKOSURIA (HUU)
HUU on uusi "löydös" schapendoeseilta, mutta se on oikeammin aina ollut rodussa. HUU altistaa pahimmillaan todella kivuliaille virtsakiville, jotka saattavat vaatia leikkaushoitoa. Sairauden periytymismalli on autosomaalinen resessiivinen ja HUU on mahdollista todeta geenitestillä, jolloin voidaan välttää sairaudelle alttiiden koirien syntyminen jalostusvalinnoissa.
KOHONNEET MAKSA-ARVOT
Schapendoeseilla on vuosikymmenet esiintynyt korkeita maksa-arvoja ja osa näyttää pärjäävän korkeiden maksa-arvojen kanssa ongelmitta. Kohonneita maksa-arvoja tutkitaan tällä hetkellä ainakin Norjassa ja mahdollisesti pian myös Suomessa. Suomessa tutkimukseen liittyy myös kohonneiden kreatiinikinaasi-arvojen nousu.